เนื้อเรื่องย่อ Bourne Supremacy, The สองปีที่แล้ว เจสัน บอร์น (แม็ตต์ เดม่อน) คิดว่าเขาสามารถหนีจากอดีตของเขาได้แล้ว แต่บัดนี้ อดีตของเขากำลังกลับมา.. บอร์น และ มารี (ฟรานก้า โปเทนเต้) ยังคงใช้ชีวิต ที่ต้องปิดบังสถานะจริงของพวกเขาเอาไว้ บอร์นที่ยังคงฝันร้าย และถูกหลอกหลอนโดยภาพจากอดีต ที่เขาไม่สามารถจำได้ เขาพามารีเดินทางจากเมืองหนึ่งไปยังอีกเมืองหนึ่ง ทั้งนี้เพื่อก้าวล้ำหน้าจากโอกาสที่จะโดนคุกคาม เมื่อมีคนแปลกหน้าจ้องมองพวกเขาอย่างไม่มีสาเหตุ ทุกครั้งที่มีคนต่อโทรศัพท์เข้ามาผิด... เพราะทุกวินาที อาจหมายถึงบอร์นต้องถูกดึงตัว กลับสู่โลกที่เขาหวังจะทิ้งไว้เบื้องหลัง โดยปราศจากคำเตือน เมื่อคนกลุ่มหนึ่งปรากฏตัวขึ้นที่หมู่บ้านอันเงียบสงบ ที่เป็นบ้านหลังล่าสุดของพวกเขา ชีวิตของบอร์นและมารีพังทลายลง และต้องหลบหนี อดีตของบอร์นมาเคาะที่ประตูบ้าน ทางเลือกเดียวของพวกเขาตอนนี้ คือการหนี แต่เมื่อมีการก้าวล้ำเส้น และเดิมพันในเกมส์แมวจับหนูระดับโลกครั้งใหม่เริ่มต้นขึ้น เจสัน บอร์น ที่ถูกสร้างขึ้นโดยเทร็ดสโตน หน่วยงานลับที่ผลิตมือสังหารอาชีพเลือดเย็น ที่ปัจจุบันกลายเป็นหน่วยงานที่ถูกล้มเลิกไปแล้วนั้น จึงคืนกลับมาอีกครั้ง สองปีก่อน บอร์นหนีพ้นจากโลกอันตรายที่เคยสร้างเขาขึ้นมา พร้อมคำสัญญาว่า จะแก้แค้นใครก็ตาม ที่พยายามเข้ามายุ่งกับเขา บัดนี้ โลกใบเดิมได้กลับมาอีกครั้ง และบอร์นมุ่งมั่นที่จะรักษาคำสัตย์ ที่เขาเคยปฏิญาณเอาไว้ พวกนั้นควรจะเลิกยุ่งกับเขาได้แล้ว!