หลังจากที่ชินจิหลับไป 14 ปี เขาได้อยู่บนยานรบ AAA Wunder ของ WILLE องค์กรต่อต้านหน่วยงานลับ NERV โดยมีมิซาโตะ และอดีตพนักงานของ NERV เป็นผู้ก่อนตั้ง มีเพียงแค่ชินจิเท่านั้นที่ถูกพบเจอใน EVA-01 ไม่เจออายานามมิ เรย์ แต่ว่า หลังจากที่ได้ช่วยชินจิออกมา พวกเขาก็โดน EVA Mark.09 พุ่งเข้ามาโจมตี ชินจิที่ได้ยินเสียงของเรย์จากภายในหุ่น Mark.09 ที่ถูกส่งมารับตัวเขากลับนั้น ก็ได้ออกมาจาก Wunder แล้วตรงไปที่ NERV ในที่นั้น นางิสะ คาโอรุที่ได้พบเจอกับชินจิ และพาชินจิไปดูรูปร่างของโลกที่เปลี่ยนแปลงไป นั่นทำให้ชินจิได้รู้ว่า การที่เขาได้ช่วยเรย์นั้นทำให้เกิดเหตุการณ์ Near Third Impact ขึ้น ซึ่งทำให้เกิดความเสียหายอย่างใหญ่หลวงกับโลก….