คุโด้ โคนัน, รัน และกลุ่มนักสืบเยาวชน ได้รับเชิญให้ขึ้นร่วมการเดินทางครั้งแรกของเรือสำราญหรู อะโฟรไดที ที่แล่นไปตามมหาสมุทรแปซิฟิก ด้วยการจัดการของโซโนโกะ ท่ามกลางบรรยากาศครึกครื้นของการล่องเรือที่เต็มไปด้วยบุคคลสำคัญและนักการเมืองชื่อดังมากมาย แต่แล้วระหว่างเล่นซ่อนหากัน โซโนโกะกลับถูกลักพาตัวและกักขังไว้โดยใครบางคน แม้โคนันจะใช้ไหวพริบช่วยให้เธอรอดตายมาได้อย่างหวุดหวิด แต่เหตุร้ายครั้งใหม่ก็ตามมา เมื่อเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นบนเรือ และโคนันก็เริ่มสังเกตเห็นความเชื่อมโยงระหว่างอุบัติเหตุเรือบรรทุกสินค้า ไดอิจิ ยาชิโระมารุ ที่จมลงเมื่อ 15 ปีก่อน กับอุบัติเหตุทางถนนที่เกิดขึ้นเมื่อครึ่งเดือนที่ผ่านมา...