เกิดเหตุฆาตกรรมต่อเนื่องขึ้นในโตเกียว โอซาก้า และเกียวโต มีผู้ชาย 5 คนถูกสังหารไปทีละคน คนทั้ง 5 เป็นสมาชิกของแก๊งโจรลักลอบขโมยโบราณวัตถุชื่อ เก็นจิโบตารุ โดยพวกเขามักจะเรียกขานกันด้วยชื่อของโยชิสึเนะและเหล่าข้ารับใช้ของเขา ปัจจุบันเหลืออยู่เพียง 3 คน คือ โยชิสึเนะ เบนเคย์ และอิเซะซาบุโร่
ขณะเดียวกัน โคนันที่เดินทางมากับโคโกโร่เพื่อช่วยไขคดีโจรกรรมพระพุทธรูปอีกคดีหนึ่งที่เกียวโต ก็ได้พบกับเฮย์จิที่กำลังตามสืบคดี เก็นจิโบตารุ อยู่ และทั้งคู่จึงตัดสินใจร่วมมือกัน แต่ทว่า?เฮย์จิกลับถูกยิงด้วยธนู! คนร้ายที่แท้จริงคือสมาชิกของ เก็นจิโบตารุ หรือไม่? สองยอดนักสืบจะออกวิ่งไขปริศนาไปทั่วนครเกียวโต!