สายลับชุดดำกลับมาแล้ว เมื่อชะตากรรมของโลกกำลังเสี่ยง พวกเขาจึงต้องหยุดยั้งแผนการเอเลี่ยนวายร้ายให้สำเร็จภายในเวลาจำกัด ไม่อย่างนั้นพวกเขาจะติดอยู่ในโลกอดีตไปตลอดกาล

ใน Men In Black 3 สายลับ เจ (วิลล์ สมิธ) และเค (ทอมมี ลี โจนส์) กลับมาอีกครั้ง...และก็ทันเวลาซะด้วย เจได้พบเห็นสิ่งที่ไม่อาจอธิบายได้มากมายตลอดระยะเวลา 15 ปีที่เขาอยู่กับ Men in Black แต่ไม่มีอะไร แม้แต่เอเลียน ทำให้เขางุนงงได้มากเท่ากับคู่หูช่างจิกกัดของเชขา แต่เมื่อชีวิตของเคและชะตากรรมของโลกใบนี้ตกอยู่ในอันตราย สายลับ เจก็จะต้องย้อนเวลากลับไปเพื่อแก้ไขทุกอย่างให้กลับมาสู่ที่ทางของมัน เจค้นพบว่าจักรวาลนี้มีความลับมากมายที่เคไม่เคยบอกเขา มันเป็นความลับที่จะเปิดเผยออกมาเมื่อเขาได้ร่วมงานกับสายลับ เควัยหนุ่ม (จอช โบรลิน) เพื่อช่วยเหลือคู่หูของเขา หน่วยงานและอนาคตของมนุษยชาติ

In Men in Black 3, Agents J (Will Smith) and K (Tommy Lee Jones) are back... in time. J has seen some inexplicable things in his 15 years with the Men in Black, but nothing, not even aliens, perplexes him as much as his wry, reticent partner. But when K's life and the fate of the planet are put at stake, Agent J will have to travel back in time to put things right. J discovers that there are secrets to the universe that K never told him -- secrets that will reveal themselves as he teams up with the young Agent K (Josh Brolin) to save his partner, the agency, and the future of humankind.